全面抗战爆发后，各抗日党派、社会各阶层的政治力量、各文化团体相继集中到重庆，大专院校、工矿企业、金融机构等陆续内迁重庆及其附近地区，重庆成了战时中国各种政治力量汇集的地方，成了以国共合作为基础的抗日民族统一战线的重要的政治舞台。许宝驹先后在这里参与发起成立了两个重要的政治组织：“中国民主革命同盟”(史称“小民革”)和“三民主义同志联合会”。

    1941年“皖南事变”之后，为了遏制国民党顽固派继续进行反共活动，维持第二次国共合作的局面，巩固抗日民族统一战线，中共南方局决定继续留在重庆同国民党中央当局打交道，保持国共联系的主渠道。在蒋介石加强了独裁统治的情况下，为了有组织地对国民党上层人士进行工作，周恩来提议组织成立一个秘密政治工作团体，以配合南方局的工作。后经王昆仑、王炳南、许宝驹、屈武等人筹划酝酿，1941年夏，这个组织在重庆秘密成立，它就是后来被称作“小民革”的“中国民主革命同盟”，是在中国共产党影响下的从国民党内部反蒋的秘密政治团体。其成员中有爱国民主人士、国民党左派以及在国民党政府内担任较高级的幕僚职位的革命人士，也有中共党员。他们在国民党内部做分化瓦解的工作，发展进步势力，争取中间势力，孤立顽固势力。参加成立会的有王昆仑、许宝驹、王炳南、邓初民、阳翰笙、屈武、高崇民、刘仲容、赖亚力、侯外庐、闵刚侯、阎宝航、吴茂荪、曹孟君、谭惕吾等。主要负责人为王昆仑和许宝驹，王炳南以公开的共产党员身份负责联系。这个组织在抗日战争期间，积极贯彻中共的抗日民族统一战线政策，在坚持抗战、团结、进步，争取国民党上层人士，分化国民党顽固派等方面起了重要的作用。1945年8月，毛泽东到重庆与蒋介石进行谈判期间，多次约见许宝驹、王昆仑、屈武等人，并在红岩村与他们做了一次竟夕之谈，对中国民主革命同盟的工作给予很高的评价。

    1943年2月，在中共中央南方局支持下，国民党民主派谭平山、王昆仑、陈铭枢、杨杰、郭春涛、朱蕴山等在重庆发起组织“民主同志座谈会”，以座谈时事的方式，联系和团结一些国民党上层人士。同年8月，在座谈会的基础上，由许宝驹等10人组成筹备小组，进行筹建组织的工作。不久召开小组会议，将所建的组织定名为中国国民党民主同志联合会，并用此名义开展活动。后几经商讨，最后定名为三民主义同志联合会。简称“民联”，是中国国民党民主派的早期组织之一。

    《双十协定》签订后的政治形势发展，使重庆的国民党爱国民主人士感到，应当立即正式成立民主派组织。1945年10月28日，许宝驹等在重庆上清寺特园召开第一次全体会员大会，宣告三民主义同志联合会正式成立。大会通过了政治主张、大会决议案和组织总章等文件，宣布接受三民主义，继承中国国民党第一次全国代表大会精神;推选许宝驹等17人组成中央临时干事会。民联成立后，积极参加了反对内战、争取和平民主的运动。1947年底，民联与中国国民党民主促进会和其他国民党爱国民主人士的代表，在香港举行中国国民党民主派第一次代表会议，决定联合组成中国国民党革命委员会，同时继续保持民联组织的活动。

    随着国内战争形势的变化，国民党反动派也在进行着最后的挣扎，他们疯狂迫害进步人士，迫使很多民主爱国人士前往香港等地避难。1948年，许宝驹前往香港，到香港后参加了中国国民党革命委员会在香港的活动。

    1948年4月30日，中共中央发出“召开政治协商会议，讨论并实现召集人民代表大会，成立民主联合政府”的号召，在香港的各民主党派联合致电毛泽东，表示积极响应中共的这一号召。5月5日，谭平山代表民联，与其他民主党派领导人和无党派民主人士，联名致电中共中央主席毛泽东，响应中共“五一”号召，拥护召开新政协会议。毛泽东复电，对各民主党派的热忱表示钦佩，敦请他们及早进入解放区，共同筹划新政协会议。于是，旅居香港的大批民主党派和无党派人士开始分批向解放区转移。

    当时，香港处在英国殖民管辖之下，国民党和港英的特工人员相互勾结，对在港的民主人士进行严密监视，而内战还在进行中，陆上、空中都没有通路，只能走海上。重重困难也挡不住这些爱国赤子的归心似箭，在周恩来的周密安排下，许宝驹等大批的民主人士克服了种种困难先后到达解放区。1949年1月22日，许宝驹与先后到达解放区的民主人士李济深等55人共同发表了对时局的意见。在意见中，他们表达了“在人民解放战争进行中愿在中共领导下，献其绵薄，共策进行，以期中国人民民主革命之迅速成功，独立、自由、和平、幸福的新中国之早日实现”的愿望，意见中还声明，“我们今天要明白表示我们的信念。我们认为，革命必须贯彻到底，革命与反革命之间绝无妥协与调和之可能。……因此，我们对蒋美所策动的虚伪的和平攻势必须加以毫不容情的摧毁。”

    1949年9月17日，新中国成立之际，中国民主革命同盟鉴于人民民主革命已获得基本胜利，同盟的历史任务业已完成，许宝驹等7位主要领导人遂代表该盟在新政协筹备会第二次全体会议上发表《中国民主革命同盟结束声明》，公开宣告该组织结束。其不少成员后来都成为了民革和其他一些民主党派的重要骨干。

    11月12日至16日，中国国民党民主派第二次代表会议在北京召开。会议决定将民革、民联、民促和国民党其他爱国民主分子统一为一个组织即中国国民党革命委员会，三民主义同志联合会宣告结束。在这次会上，许宝驹被选为民革中央常委。