条约在爱尔兰引起了巨大争议。首先，爱尔兰共和国总统德·瓦勒拉，对科林斯未经他本人及其内阁授权，即签署条约感到不满。 其次，条约内容也备受争议。德瓦勒拉及其共和运动的许多成员，反对将爱尔兰作为英帝国之下的自治领，更反对象征性地向英王宣誓效忠。还有引起争议的是英国保留爱尔兰南部海岸的通商口岸，供皇家海军使用。这些争议都会使英国可以威胁爱尔兰的外交政策。几乎一半的议员反对这项条约。条约最后于1922年1月7日以64票对57票通过。更严重的是，大多数爱尔兰共和军成员反对该条约，使前途笼罩上了内战的阴影。

　　奇怪的是事后人们才意识到，对爱尔兰自由邦和北爱尔兰的分裂倒是没有引起太大争议。其中一个主要原因即是，科林斯早已秘密安排在北爱尔兰开展游击战争。

　　1922年初，他不断地派遣爱尔兰共和军的部队去边界，提供武器和金钱给爱尔兰共和军在北方的部队。1922年6月他和爱尔兰共和军参谋长利亚姆·林奇还组织支持和反对条约的共和军部队沿着新定的边界展开了一次攻势。英国人提供给临时政府的武器也就换到了北方的共和军的手中。这项行动后来在英国的压力下于6月3日停止，科林斯发布命令说，“任何南部26郡的部队，无论是在政府控制下的(支持条约的)，还是隶属于参谋长的(反对条约的)，都不允许入侵北部六郡的地域。”。但是边界上的冲突一直到内战在南部爆发才得以中止。如果科林斯还活着的话，他就会利用一切机会在北爱尔兰开展全面的游击战争。因为这一点，北部的爱尔兰共和军都支持科林斯，其中的524人还加入了自由邦的军队参加了内战。

　　1922年6月在内战爆发的前夕，科林斯依然在尽一切努力弥补民族主义运动的裂痕，避免战争。德瓦勒拉在议会中方对条约，他带着他的支持者从议会中退出。科林斯做出妥协，让新芬党的两派，支持条约的和反对条约的，联合参选自由邦的首次选举，然后组成一个联合政府。

　　科林斯建议自由邦应该有一个共和宪法，其中不提到英王，也不批评条约。这样即使连最不妥协的共和党人也可以接受。为了统一军队，他建立了一个“军队再次统一委员会”，由来自支持和反对条约的军人代表组成。他甚至利用他自己任主席的秘密组织“爱尔兰共和党人兄弟会”来促使爱尔兰共和军的军官们接受协议。但是，英国否决了制定爱尔兰宪法的提议，威胁要进行经济封锁，声称爱尔兰人签署条约时不诚实，条约中的条款不容修改。科林斯因此再也无法调节反对条约的一方。接下来一些反对条约的爱尔兰共和军的行动最终导致了内战的爆发。