他积极参加筹建山东工学院(现山东工业大学前身)和长春汽车拖拉机学院(现吉林工业大学前身)的工作，为新中国汽车、拖拉机专业培育了几代专业技术人才。1949年6月，山东全境解放，他应聘到潍坊市华东高级工业学校任教。不久，又调去济南协助张协和同志筹建山东工学院。当时，十多年的战争刚结束，生活条件非常艰苦，学校只能供给他家的吃住和穿衣。在潍坊市时，住在老乡家里，每天教课之余还要挑水、劈柴，玉米和小米是这里的主食。在济南期间，他住在一个小教室里，和学生上课的大教室只有半截墙之隔，冬天寒风吹来，房间温度很低，但是大家都一样过着艰苦生活，因此他的心也和大家一样是火热的，第一次真正感觉到自己的所学大有为祖国科学教育事业献身的机会，不论白天还是晚上拼命地干。筹备初期，学校缺乏设备，他亲自出去购买，亲自领着工人制作;学校缺乏教师，他亲自出去招聘;基础课的物理学、应用力学，专业基础的热工学、机械原理，专业课的内燃机原理、柴油机原理、汽车理论与设计等课程请不到合适的人教，他都亲自编写教材讲授。1950年筹备工作结束后，他任副教授兼自动车系副主任(无主任)，又承担了自动车系的教学领导工作。1953年苏联援助中国在长春建立第一汽车制造厂，他输送了第一批国内自己培养的汽车专业人才，经过几十年的磨练，现都已成为中国汽车工业的骨干。

    1954年，全国高校院系调整，后成立长春汽车拖拉机学院，陈秉聪又参加筹建工作，随山东工学院自动车系来到长春，并任汽车拖拉机系副教授兼副系主任。当时我国的拖拉机工业和拖拉机专业教育还是一张白纸，他为了事业的需要，毅然放弃了原来的航空和汽车专业方向，凭着他坚实的基础理论和机械学科知识，挑起了筹建我国第一个拖拉机专业的重担，带领其他老师，从我国实际出发，在学习苏联的基础上，编写了一整套适合中国国情的教学计划、教学大纲和教材;用较短时间建立了专业实验室和实物教学资料室，于1957年培养出我国第一批拖拉机专业本科毕业生。他在国内首次编著的《拖拉机理论》，一直是60年代中国高等农机院校的通用教材。他的这些开创性工作影响很深，被誉为我国拖拉机专业的创始人，深受同行科技工作者及受他培养的“桃李”们的尊敬和爱戴。1958年，长春汽车拖拉机学院正式改名为吉林工业大学，陈秉聪先后任农机系副教授、教授兼系主任。同年后期，他受到“拔白旗”的冲击，但他并不因此而气馁，仍然忠诚党的教育事业，勤奋耕耘，开展“教育与生产劳动相结合”“少而精”等教学改革活动，编写“少而精”教材，并高瞻远瞩地跨出了培养高层次人才的第一步，于1961年开始招收和培养第一批研究生，直至“文革”前连续五届共培养了9名研究生和多名兄弟院校的进修教师。现在他们都早已成为拖拉机行业中的教学或科研骨干，成为教授、高工和总工程师。“文化大革命”期间，陈秉聪受到抄家、批斗等巨大冲击，被打成“反动学术权威”，1969年下放到吉林省最穷困的乾安县农村插队落户，但他仍以向前看的态度和乐观的精神，相信党相信群众，度过了3年的农村生活。1976年10月，“四人帮”被粉碎后，陈秉聪的冤案得以平反，政治上的解放又唤起了他从未泯灭的事业激情，积极投入教学科研工作。党的十一届三中全会后，中国实行改革开放的政策与国际间的交往日益增多，他以自己的学术威望，于1979-1981年连续3次邀请6名日本京都大学有名望的学者来校讲学，取得了良好的效果，为吉林工业大学打开了国际交往之门。1980-1982年间他受联合国工业发展组织(UNIDO)的资助和美国农业部的邀请，先后赴美、日、法、英、原联邦德国、瑞典、南斯拉夫、西班牙等十多个国家考察教育和科研发展情况，开阔了眼界，找到了差距，深感我国的农机化事业需要加快发展步伐，更加坚定了自己的教学和科研方向。1982年陈秉聪被任命为吉林工业大学副校长，分管科研和研究生工作。在他的领导下，学校研究生的招生数量和科研经费逐年增加，硕士专业点由原来的11个增加到28个，博士学科点由4个增加到10个，他本人是国家首批批准的博士生导师，并受聘为国务院学位委员会工学科评议组成员。自1978 年到90年代初，经他培养的有硕士生16名，博士生19名，并为巴基斯坦培养博士生1名，博士后1名，为学校研究生教育的发展奠定了良好的基础，为学位制度的建设和培养高层次科技人才做出了很大贡献。