早年加入中国同盟会。曾参加五四运动。抗战期间曾因抨击官僚资本家大发国难财遭蒋介石国民党政府监禁。

    1957年因发表《新人口论》等文章而遭到错误批判，1979年党中央批准了北京大学党委为他彻底平反恢复名誉的决定。

    1919年马寅初返回祖国，怀着“强国富民”的理想支持进步，崇尚革新，声明“一不做官，二不发财”，致力于中国经济问题的研究和经济人才的培养，著书立说。他是中国最早研究西方经济学的著名学者。1927年到1937年，马寅初南下浙江、南京、上海，以财政经济专家身份，参与对国家财政经济问题的研究，寻找症结的所在，谋求解决的办法，全力保护中华民族的利益。1937年到1945年，马寅初继续以财政经济专家身份研究中国的财政经济，剖析蒋、宋，孔、陈“四大家族”的官僚资本，撰文抨击“四大家族”趁民族危亡之机大发横财的罪行。抗战爆发后，马寅初拥护抗战，反对国民党的不抵抗政策。马寅初的爱国行动、正义行为，遭到了国民党反动派的迫害，马寅初先后被关进息烽集中营、上饶集中营，最后被软禁于重庆歌乐山家中，直到抗战胜利才恢复人身自由。

    抗成胜利后，马寅初继续反对四大家族的官僚资本主义，痛斥国民党政府出卖民族利益。当李公朴、闻一多惨遭国民党特务暗杀消息传来，马寅初愤怒万分，当即写了遗书，告别大家，孑然一身穿蓝布长衫赴南京中央大学讲演，用大量事实揭露国民党反动派发动内战的罪行，当讲到物价飞涨时，指名道姓、抨击蒋介石，有力地推动了当时国统区的反蒋爱国民主运动。他成了旧中国时代一个英勇不屈的民主战士。 解放前马寅初先后在北京大学、南京中央大学、上海交通大学、重庆大学、浙江大学任教。他曾任北大经济系主任、教务长。重庆大学商学院院长。解放后马寅初先后任浙江大学校长，北京大学校长、名誉校长，他的著作很多，其中《新人口论》是一篇卓有见地的不朽之作，这篇论文是经过调查研究后写成的，它正确地分析了中国人口增长速度过快的原因，论证了人口增长太快同积累、消费之间的矛盾，提出了控制人口生育的建议和措施。《新人口论》发表后，引起全国强烈的反响。康生、陈伯达一伙竟把《新人口论》诬为中国的马尔萨斯主义，煽起全国规模的大围攻。马寅初理直气壮，出来应战，有人逼他检讨，他坚决拒绝，再一次发出誓言：不怕孤立，不怕油锅炸，即使牺牲自己的生命也在所不惜。他说：“我对我的理论有相当把握，不能不坚持，学术的尊严不能不维护!”“我虽年近八十，明知寡不敌众，自单身匹马，出来应战，直止战死为止，决不向专以压服不以理说服的那种批判者们投降。”“我个人被批判是小事，没什么，不过我想的是国家和民族的大事，我相信几十年以后，事实会说明我是对的。”历史的发展证实了马寅初《新人口沦》的正确性和预见性。1960年3月马寅初被迫辞职，离开北京大学，回到嵊州老家。1979年9月11日恢复名誉，教育部任命他为北京大学名誉校长，并被增选为第五届全国人民代表大会常务委员会委员。