早在50年代初，他就注意并开始研究中国人口增长过快的实际问题。在著名的《新人口论》中，较系统的论述了中国的人口问题。提出了“我国人口增长过快”的命题，认为1953～1957年，中国人口很可能已超过1953年人口普查得出的年增殖率为20‰的结果。如果按1953年统计的20‰的增殖率估算, “三十年后同实际的人口数字一比, 就会差之毫厘而失之千里了”。并分别从加速积累资金、提高科学技术、提高劳动生产率和人民的物质文化水平以及增加工业原料等方面，对控制人口的必要性、迫切性进行了论述：

    ①人口增长与资金积累的矛盾。他认为，因为中国人口多，消费大，所以积累少，只有把人口控制起来，使消费比例降低，才能多积累资金;

    ②搞社会主义，就必须提高劳动生产率，多搞大工业，搞农业电气化、机械化，然而，为安排好多人就业，就不得不搞中小型工业，农业搞低效率劳动，实际上是拖住了高速度工业化的后腿;

    ③和工业原料的矛盾。大办轻工业可以有效地积累资金，但是轻工业原料大多数来自农业。由于人口多、粮食紧张，就腾不出多少地种诸如棉花、蚕桑、大豆、花生等经济作物。同时，也由于农产品出口受到限制，就不能进口很多的重工业成套设备，影响了重工业的发展;

    ④全国人均不到3亩耕地，大面积垦荒短期内又做不到，“就粮食而论, 亦非控制人口不可”。

    他尖锐地指出，控制人口实属刻不容缓，不然的话，日后的问题益形棘手，愈难解决。政府对人口若再不设法控制，难免农民把一切恩德变为失望与不满。他提出了定期举行人口普查，把人口增长纳入第二个、第三个五年计划的建议。

    1957年7月15日，马寅初在《人民日报》发表了《新人口论》，指出人口多、资源少是中国一个很严重的矛盾。建国以来，中国人口增长率为20%，以此推算，如不控制人口，50年后中国人口将达到16亿。他说：“人口固然是一个极大的资源，但也是一个极大的负担。”要保住这个大资源，去掉这个大负担，办法是提高人口质量，控制人口数量。他建议国家实行计划生育政策，结果受到错误批判。事实证明，马寅初的观点是正确的，批判他的后果是造成此后全国多生了几亿人。1979年7月26日，中央人民广播电台播发了题为《党组织为马寅初彻底平反恢复名誉》的消息。此时的马寅初已经九十八岁了，历史终于在他活着的时候，有机会向这位勇敢而智慧的老人道歉。