民国十三年（1924年），他考入榆林中学，民国十六年（1927年），参加了中国共产党。

　　民国十九年（1930年）冬，他被迫离开陕北到北京大学求学，在此期间，他对戏剧的兴趣日益浓厚。民国二十三年夏，因探兄病，来到西安观看了易俗社等很多班社演出的新戏，对王天民、李正敏、王文鹏、和家彦、苏哲民、马平民、耿善民等名角的演唱特征，都作了认真的比较研究，以丰富自己的艺术素养。民国二十四（1935年）年肄业于北京大学哲学系，后在河北清丰师范任教。赶写出话剧《冲上前去》和京剧《辱皇后》两个剧本，配合了抗日募捐宣传活动。

　　民国二十五年（1936年），“西安事变”后他回到陕西，在延安师范教学，组建乡土剧团，自己兼任编剧和导演，创作演出了话剧《大中华的儿女》、《中国的拳头》、《上海小同胞》和京剧《逃难图》等。《大中华的儿女》，亦名《国魂》，后改为秦腔，经毛泽东提议改名《中国魂》，这是马健翎早期的代表作，多年来久演不衰。民国二十七年，参加了著名诗人柯仲平领导的陕甘宁边区民众剧团，从此离开了教育界，投身于他终生执着追求的戏剧事业。

　　民国二十七年（1938年），抗战一周年，在延安演出了他第一个秦腔现代剧《一条路》。

　　民国三十二年（1943年）秋，创作出大型秦腔现代戏《血泪仇》。通过王仁厚一家从国统区河南到解放区延安的遭遇和不同待遇，深刻地揭露了国民党反动统治的黑暗现实，歌颂了中国共产党领导下的解放区人民群众的美好幸福生活。这个戏演出后，周扬著文称赞这个剧本“提出了阶级斗争主题，赋予了这个主题以强烈的浪漫色彩，同时选挑了群众熟悉的所容易接受的形式。”陆侃如则预言：“中国文学史上，这个戏剧一定要占个重要的位置。”民国三十三年（1944年）五月，西北文委授予《血泪仇》剧本一等奖。同年十一月陕甘宁边区召开文教大会，授予他“人民群众的艺术家”的光荣称号。1949年3月，将《血泪仇》、《穷人恨》、《大家喜欢》、《保卫和平》四个反映解放区文艺创作成果的剧本，选入了《人民文艺丛书》。

　　1949年7月，马健翎以西北代表团副团长参加了在北京召开的中华全国文学艺术工作者代表大会，当选为全国文联委员、全国剧协常务委员、全国戏曲改进会筹备委员会委员等职。中华人民共和国成立后，他曾任西北文化部副部长兼戏曲改进处处长、西北戏曲研究院院长，中国戏剧家协会陕西分会主席。虽然公务繁忙，但他为繁荣社会主义戏剧创作，仍然在辛勤地耕耘着。先后改编丁秦腔《四进士》、《太平庄》、《游龟山》、《游西湖》、《窦娥冤》、《赵氏孤儿》等优秀传统剧目。

　　1952年，他改编的《游龟山》，在全国第一届戏曲观摩演出大会上荣获剧本奖，并在《人民文学》杂志上发表。会后在天津、保定、太原、西安等地演出数十场，受到各地观众的热烈欢迎和戏剧界的好评。1956年，在陕西省第一届戏剧观摩演出大会上，《游龟山》获得剧本改编一等奖，后成为秦腔和其他地方剧种盛演不衰的优秀剧目。

　　1964年马健翎等创作的现代戏《蟠桃园》，被打成反党反社会主义的大毒草，受到了批判。1965年7月，在“文化大革命”中他的身体和精神都受到摧残，10月18日，在西安含冤逝世，终年五十八岁。1980年4月7日，陕西省委在西安为马健翎昭雪平反，并隆重举行了马健翎骨灰安放仪式。