那时抗美援朝已经开始，人们怀疑从美国回来的人成为很自然的事。运动初期，萧光琰隐约感到有些人不敢和他说话，无言中拒他于千里之外。运动深入以后，有人开始在会上质疑他回国的动机。人们当时最不理解的就是“你在美国生活条件那么好，为什么选择回中国？”他平时偶尔谈到自己在美国的工作或者生活情况，被当作崇洋媚外加以批判。

当时萧光琰刚三十出头，从小学到取得博士学位，血气方刚，没有韧性。有人记得有一次在会上，他听着根本听不懂的批判内容，面对着他根本无法理解的革命群众，产生了难以忍耐的愤怒，气得把眼镜都摔了，他这种对抗运动的态度，也让群众对他更有看法。他认为很多批判实在太无理，盼望有人出来澄清事实，可是没有。当时大家都在争先恐后地表达对党、对毛主席的热爱。萧光琰想这也许是下面的人臆想出来的不实之词。遇到不合理的事，要据理力争，不能沉默。他要向上面讲清楚，于是人们经常看到他给领导写信，凡事都要求“有个说法”。他自己说话有理有据，也要求别人有科学态度。

当时的领导碰到这种情况经常是不了了之，不想明确回答，也无法明确回答。运动是他们领导的，他们的责任是激发群众的革命热情，当然向萧光琰没办法解释。

得不到“说法”，萧光琰无法忍受。在美国，得不到回应最简单的办法就是罢工或换地方。换工作不容易，于是他就自行“罢工”。有时候好几天都不去上班，在家闹情绪。那时候，人们对美国回来的博士还是两重态度，既觉得政治上比他高一截，心理上又有些敬畏。所以也没人管他，这又引起周围一些人对他更大的不满。

回国时他充满幻想，忽然间一切都破灭了。刚刚三十多岁，下半生就要在这种怀疑中度过。在这种气氛下，科研工作还能出任何成果吗？甄素辉能受得了吗？他变得忧心忡忡，焦躁不安，彻夜难眠。后来的运动中，没人阻止对萧光琰无中生有的批判和怀疑，而这种批判又让他没有任何退路。自己这样千辛万苦回到中国，得到的竟然是怀疑，这是他万万没有想到的。

萧光琰失去了做研究工作的心态，脑子也闪不出智慧的火花。常常书放在那里，看不进去。有人看到他经常呆坐的样子，就说：萧先生这样下去，可能会自杀。他有科研能力，但现实不要他出力；他有头脑，但必须按特定的方式思考。他只好努力让自己的穿戴、言行都符合大众口味。

有人说那时他曾有过自虐的行为，用自己的头撞暖气片，他用这样的方法惩罚自己，发泄自己极端抑郁的愤怒。为了安静下来，有时他吃很多安眠药。他情绪的波动，给甄素辉很大的压力。可她是一个极其贤惠的夫人，不管萧光琰怎样，她都理解。这对夫妻，回国以后真是相濡以沫。

运动过去，生活恢复了平静。一道深深的伤痕已经在这对夫妇心中留下。本来就没什么朋友，此时变得更加身孤影单，实验室里，萧光琰也更少言寡语了。

运动过去以后，所里的领导认识到思想改造运动对萧光琰的猜测是毫无根据的，使他受伤害不小，向他表示歉意。当时还专门派人做他的思想工作。萧光琰是个非常天真的人，马上不计前嫌，重振情绪，又开始努力工作。不久，他们的生活有了新的生机，女儿出生了，给她起名叫萧洛莲，小名就叫洛洛。

1956年初，北京石油炼制研究所正式成立，希望在大连代培了几年的萧光琰到北京工作。萧光琰感到很矛盾，他虽然在大连受到伤害，但仍然热爱那里。后来他去北京工作了一段时间，想体会一下那里的工作环境，最后觉得还是大连石油所搞基础科研比较多，更适合他，就决定留在大连。在美国，选择一个适合自己的工作，是再正常也没有的事了，如果有两个地方都要你，当然要反复进行比较。可当时人们要达到的思想境界是“我是革命的一块砖，哪里需要哪里安，放到天安门城楼上不骄傲，放到厕所里不悲观。”大家都在表示坚决服从分配，即使不服从也都找个说得出口的理由。萧光琰的做法显得很个别，他的犹豫被看成是患得患失，个人主义。而他自己则浑然不知周围人对他的看法，他认为选择到哪里工作，完全是个人行为，自己有选择的权利。

几经周折，他的人事关系正式转到大化所。