康熙四十七年（1708）九月，康熙帝以“不法祖德，不遵祖训，惟肆恶虐众，暴戾**”的罪名，将皇太子允礽废黜监禁。此次事件影响巨大，牵连多名皇子，允祥亦在波及之列。据萧奭《永宪录》载：“胤祥戊子九月以旧东宫事波及，亦削贝子，后再复。”雍正帝也曾说过：“怡亲王前因二阿哥之事无辜牵连，一时得罪皇考，随即鉴宥。”由此可知：其一，允祥确实因为一废太子事件受到了波及并遭到了处罚；其二，允祥虽然受到了影响，但后来得到了康熙帝的原谅。至于允祥在此次事件中究竟做了什么事，目前相关史料不足，权作疑案，以待后考。
    清制：皇子年满十五岁，宗人府要具题请封，其爵级则由皇帝钦定。康熙帝曾两次较大规模分封皇子。第一次在康熙三十七年（1698），皇八子允禩以前的皇子都得到了封爵。当时允祥十三岁。康熙四十八年（1709），康熙帝又一次大封皇子，此次允祥亦不在受封范围之内，而比其年幼的十四阿哥允禵却被封为贝子。康熙四十九年（1710），康熙帝在允祉等皇子的请安奏折上批示“胤祥乃不大勤学忠孝之人，尔等若放任之，必在一处遇着他，不可不防。”康熙五十年（1711）后，康熙帝出巡的扈从名单中不再出现允祥，这与以往“恒命扈从”的情况形成了鲜明对比。康熙五十一年（1712）十一月,从皇三子允祉到皇十四子允禵都得到了康熙帝几千两银子的赏赐,也没有允祥的份。有的学者据此断定，允祥必是做了什么事，犯下了大错，惹怒了康熙帝，因而没有得到任何封爵，并且从此失宠。对此，笔者不敢苟同。
    首先，关于允祥的封爵问题。就目前史料看，只有前已叙及的《永宪录》有所提及，说他曾经被封为贝子。此外，在目前所能见到的资料中，再无直接记载。但在康熙六十一（1722）年，允祥的女儿指婚出嫁时，礼部尚书陈元龙等为该格格奏请头衔，康熙帝批准为“固山格格”。清代王公子女的品级随父亲的爵位而定。按《八旗通志·初集》载：“贝子女固山格格，县君。”这似可间接暗示：允祥即使未得到正式封爵，其在康熙朝后期所受到的待遇也不会太低。至于允祥究竟封爵为何，亦只好当作疑案以待后考。
    对于允祥是否失宠，杨启樵在《揭开雍正皇帝的面纱》一书中曾提到：“太子允礽第一次废立，康熙用尽严词厉语”，“ 但不到半年，复立为太子”，因而“父对子偶有褒贬，不必过于认真。”同样，允祥是否在康熙后期失宠也不能仅因为康熙帝的偶然指责而断定。在康熙后期的朱批奏折中，有赏赐包括允祥在内的皇子们鹿肉的记载，允祥列名的请安折子也为数不少。康熙临终时召七位皇子聆听末命，允祥亦在被召之列。由此可以看出，康熙后期的，允祥纵使受宠程度不如以前，其在康熙帝眼中的地位也不会太低。
    康熙五十年（1711）以后，确实很少再见到有关允祥的活动记录。正史关于允祥这段时间活动的记载也接近于空白。曾经红极一时的十三阿哥似乎突然从人们的视野中消失了，这究竟是何原因？笔者以为允祥个人的健康问题应该是主要原因。
    康熙四十九年前后，允祥右腿上生了一种毒疮。此疮“起白泡，破后成疮，时流稀脓水。原曾痛，时痛时止。”容易变成鹤膝风症，并且在好了一年后又复发。在允祉等人的请安折中康熙帝也曾多次问到“胤祥疮如何了”并有“看起来并不好啊”的感叹批示。可见，允祥所患的是一种顽症。允祥的健康深深为此症所累。雍正时期，允祥的健康状况也不容乐观。雍正二年（1724），雍正在给年羹尧的奏折朱批中说：“王（允祥）今春夏总是小不乐，只觉瘦弱，入秋以来已大愈矣！”雍正帝还因为允祥身体清弱、时常抱恙，曾寄信给总督鄂尔泰，要他“若知有精于医理、明于养生之人，可资送来京，以为调摄颐养之助。”允祥活动减少，不再随驾扈从，可能是身体原因。