民国18年（公元1929年）夏天，云南地方军阀相互倾轧，日愈激烈。7月11日，酿厉昆明城内北门街火药库爆炸事件，大批房屋被毁，居民死伤900余。惨祸发生后，中共云南地下组织立即成立由党团员和进步青年组成的“七· 一一”青年救济团，拯救受灾市民，马克昌和其他同志一道积极投入了救护伤员，发放救灾物品，为灾民烧水做饭，募捐棺木安葬死者等救灾工作。他还从家里要钱买来云南白药，送给贫困灾民治病。有两个父母双亡的小孩无依无靠，他亲自送到孤儿院安置。同时在群众中开展宣传，揭露军阀混战给人民带来的灾难，并组织灾民向地方当局作斗争。同年10月，云南当局与国民党中央派来的慰问委员王伯龄密谋策划，以“慰问灾民”为幌子，在云南讲武堂召开大会，进行反共宣讲。为揭穿其阴谋，马克昌和其他进步青年一起，在会场上散发传单，高呼革命口号，揭露了国民党的反共阴谋。此后，云南当局为转移人民的斗争目标，竟把火药库爆炸事件转嫁给共产党，并以此为借口，逮捕、枪杀了一批共产党员和进步青年。由于白色恐怖笼罩着整个昆明，马克昌被迫在1929年冬离开昆明。 　　马克昌辗转到上海后，住在江湾区安乐里1012号（蔡家花园），很快与中共上海地下组织取得了联系，在江湾一带继续开展革命工作。1930年，马克昌加入中国共产党，并任中共上海江湾区区委书记，组织领导江湾一带的革命工作。 　　民国19年（公元1930年）12月9日，马克昌参加“纪念广州起义三周年”筹备会后回寓所时，被潜伏在寓所附近的军警逮捕。当时，他身上带有纪念广州起义三周年的示威游行路线图，在被搜身的瞬间，立即将图纸塞进嘴里，但被军警卡住喉咙，未能咽下。他被押往上海市公安局龙华监狱羁押二十天后，作为“组织暴动案”首要份子押往南京，囚禁在国民党中央军人监狱。在狱中，马克昌抓紧时间学习，坚持锻炼身体，时常关心鼓励同监难友增强对党和革命事业的信心，为共产主义理想奋斗到底。审讯中，他严守党的机密，面对坐“老虎凳”、上电刑等种种酷刑，坚贞不屈。为保护同案难友，他把军警在寓所搜出的革命传单和进步书刊，都说成是他自己的，承担了全部责任。 　　民国20年（公元1931年）4月29日，国民党当局以所谓“危害民国紧急治罪法”判处马克昌死刑。宣判后，他将自己仅有钱钞、衣物、药品送给同监难友，还向看守要来纸笔，写了许多小标语，准确在赴刑场路上散发。有位在押难友对他为革命视死如归的气概感动得哭泣，他说：“哭什么！刑满出狱继续革命。” 　　在刑场上，马克昌拒喝“倒头酒”，拒吃“倒头馍”，高唱《国际歌》，高呼共产党万岁！临刑时，马克昌不愿看到同案难友在自己面前倒下，要求首先牺牲自己。他连饮数弹，嘴巴被打烂了，手还在挥动。牺牲时年仅25岁，葬于南京中华门外雨花台。解放后，南京雨花台建成革命烈士陵园，马克昌的革命事迹和画像在陵园展览大厅展出。马克昌将永远为人们敬仰、缅怀。