1949年3月，担任辽西军区副司令员的朱军接到命令，连夜赶到葫芦岛港，迎接起义的国民党海军“重庆”号巡洋舰。“重庆”号巡洋舰到达葫芦岛后，为了防御国民党空军的轰炸，朱军布置了3个85高射炮连防空，并试图伪装舰体。当时东北 军区参谋处长段苏权派专列接“重庆”号舰长邓兆祥等50多名主要军官到沈阳参观，留舰的原海军人员和陆军来的干部沟通不够，3月10日接到空袭警报，少数士 兵企图离舰，被制止。3月18日，国民党空军对“重庆”号实施轰炸，“重庆”号舰体受损伤，人员有伤亡。朱军主持开会，有人提出自沉，因事关重大，未敢下决心。19日，为保舰体安全，启开了弹药舱的海底门注水，以降低爆炸系数，同时撤离非战斗人员，当日敌机又来轰炸，情况混乱。19日晚再次开会，增强了沉船的意向。当晚朱军连发叁封电报请求东北军区报军委批准自沉方案，朱军在第叁封电报提出如得不到答复，即认默许沉船。20日1时，启开海底门放水，9时“重庆”号侧沉。事后贺龙到葫芦岛视察，肯定了自沉措施。

    1949年5月，朱军率领“重庆”号起义官兵550人去安东，组建安东海军学校，邓兆祥任校长，朱军任政委，张学思任副校长，李东野任政治部主任。该校还有国民党“灵甫”号军舰起义官兵70人。安东海军学校的工作主要是对原海军人员进行社会发展史、中国革命史和我军优良传统教育。1951年1月，张学思、李东野率安东海 军学校大部分人员去大连组建海军学校，邓兆祥、朱军和部分技术骨干留在安东，准备打捞“重庆”号。海军司令员肖劲光召朱军到京，朱军向朱德、聂荣臻、肖劲光力陈打捞“重庆”号，军委首长决计打捞。

    9月，朱军参加了中苏关于打捞“重庆”号军舰的谈判。为了保证打捞工作顺利进 行，中央军委决定成立“重庆” 舰打捞委员会，对外称葫芦岛港口司令部，朱军 是委员会主任，邓兆祥、赵承金(170师师长)参加了这项工作。1951年4月，“重庆”号舰体被扶正，浮出水面。“重庆”号被送到大连造船厂，因修复费用太高，零部件困难等原因，未能修复。打捞完“重庆”号，朱军出任海军快艇学校政委。快艇学校校长是邓兆祥，专业教员几乎全由“重庆”号舰上的业务长和技术骨干担任，设有航海、枪炮、机电、通信、鱼雷、化学6个专业，学员 从各野战军挑选作战有功人员、班长和优秀老战士，苏联派了70名专家到快艇学校指导学习和实习。

    1966年以前授衔的开国将帅共1614人，其中622人参加过抗美援朝战争，朱军是622人中唯一以海军将领身份参战的。1953年，为了迫使美军放弃侧后登陆企图，志愿军实施了反登陆作战准备，调整部署后，西海岸防御部队有6个军，西海岸防 御部队有2个军，正面防御部队有11个军，预备队有1个军。西海岸部队组成联合指挥部，指挥部内设立了炮兵主任办公室、工兵主任办公室、空军前方指挥所和海军作战办公室，海军作战办公室又称海军前线指挥所，朱军是指挥所的主任兼政委。不过海军当时没有什么大的行动，朱军在朝鲜战场的职务是个兼职。同年，朱军到苏联伏罗希洛夫海军学院学习，1957年毕业回国，正值以南京军事学院海军系为基础扩建海军学院，他出任副院长兼学术研究部部长，在朱军的领导下，开展了岛屿防御、岛屿地域的兵力使用、袭击敌海上交通线和海军兵力使用等95个学术问题研究。

    1961年，朱军调任海军工程学院院长。1974年，在海军学院的基础上组建海军军政干部学校，他担任校长。文革结束后，1978年恢复海军学院，朱军担任院长，1983年离休。

    1955年被授予少将军衔。曾、获二级独立自由勋章、一级解放勋章、一级红星功勋荣誉章。