郭沫若在专业上和杨树达有相同之处，但在过去公认杨的学术地位要高于郭。40年代初，杨树达对郭沫若的《两周金文辞大系》就说过：“觉可商榷处颇多。”而郭对杨却是极尊敬的。1940年12月25日，郭沫若致杨树达的信中说：，“就整个言之，我兄于文字方法体会既深，涉历复博，故所论列均证据确凿，左右逢源，不蔓不枝，恰如其分，至佩至佩。”此后郭杨之间时有信函往返、从论学的内容和行文的谦恭，能看出郭沫若对杨树达的学问是很钦佩的。但令人沉思的是随着两个学者地位的转移，郭沫若对杨树达的态度也发生了变化。以杨树达在中国学术界的地位，他的学术成果的问世，已经很少有什么阻碍。但不知什么原因，后来杨树达的学术成果问世，却需要由科学院来审查。先是李亚农审查他的《金文说》，评价不高，还有唐兰，颇有微词。不管怎么说，李亚农、唐兰总还是学者。使杨树达不能容忍的是当时的科学院竟让根本不懂学术的人来审查他的著作。对此，杨树达在回忆录中说：“科学院对于审查稿件轻视之，信任诸少年不学者妄为评涉，余吁请再审《小学述林》时，曾予以讽戒。院中不省，前感于《金文炼说》妄评事，愤不能忍，故上书主席言之。今日得毛公复云，已将余缄交院，请其注意。明知此事将开罪于人，然若院人稍有天良，必当力图改进，公审查之责于天下人，则余虽为人疾视，为学术计，仍所甚愿也。”杨树达当时还只是就事论事，没往别处想，没有想到是什么原因使学术环境很快成为这样的。

    杨树达的学术地位，公平地说，在新环境里并未被漠视，当时有关的专业学术权威机构，均给杨树达留有位置，郭沫若也曾请杨树达回北京做研究工作，杨树达以年龄为由婉辞了。但读郭沫若1950年以后给杨树达的信，明显不同于以前。1953年8月郭沫若在一封信中说：“今世著书立说，当对读者负责。出版发行尤当对读者负责。此乃国家事业，故不能轻率从事。往复磋商，应是好事，望勿为此怅惘。”当时杨树达每有论著寄郭，几乎都不顺利，总要被删去许多。对此，杨树达曾说：“得郭沫若复书，告已读余《甲文说》，嘱余汰去若干首再寄去，当嘱编译局出版云。”虽然这样，杨树达对郭沫若的文字学水平仍有极高评价，认为“非一般浅学后生所能及也”。而且杨树达曾将郭沫若和王国维相提并论，可见其学者的风度。但他对郭沫若的学术品质也有批评。他在回忆录中说：“此又可证郭沫若之粗心轻信也，盖心有成见，必欲推翻余说，遇有可为之助者，乃急不暇择也。余往言：做学问必须诚意正心，信也。”。可以说，从50年代以来，杨树达即对郭沫若有看法，先是感觉他太热心政治，“郭鼎堂忙于政务，匆匆不能审思耳”。在回忆录中，还有对郭沫若更严厉的批评：“前以《金文馀说》寄请郭沫若审定，渠只读书序退还，云事忙未能全读，乞谅云云。既不延请学较裕之人置院中审查稿件，己又藉口事忙不审，虚负院长之名矣。”

    另外，杨树达对郭沫若的学术品质也很不以为然。因为郭沫若曾就一学术问题在给杨树达的信中说过：“董某妄人耳，其说未可尽信也。”这是郭沫若批评董作宾的。而杨树达却说：“记《卜辞通纂》曾言读董断代研究例，拍案叫绝，今乃斥为妄人，鼎堂真妙人哉。”从杨树达的回忆录中，大体可以看出一代学者的无所适从，而当时，杨树达还未能采取像他的好友陈寅恪那样的处世态度。他在回忆录中说：“且谓寅老不满意于科院，谓解放数年，绝不重视史学，至此老成凋谢之际，乃临时抱佛脚，已有接气不上之象云云。”