吴印禅善于独立思考，不人云亦云，随声附和。他认为中国科学理论底子薄，要兼容并蓄，师各家之长。他对被子植物的起源和系统化的重大学术问题勇于探讨，对各家系统理论都有深刻的研究；在介绍各主要学派的观点、特点同时给予很高的评价之外，又作一些有价值的修正和补充。他对原苏联的格罗斯盖姆的单元发展及系统发展阶段学说有过深入的研究和评述，又发表自己新的见解，使师生能辩证地认识被子植物的起源和进化的规律。同时，他对单子叶植物原始类型的单一性及共通性给予密切注意，广泛收取材料，进行深入探讨，试图揭露被子植物起源与发展的问题。在棕榈植物的原始性、单子叶植物地下茎的形成等问题方面，吴印禅都提出过若干值得重视的论点。? 　　吴印禅治学勤奋，凡事必亲自实践，以事实为依据。在实践过程中，他针对当时植物系统学的缺点，强调系统学研究必须进行形态学、解剖学、古植物学及古地理学的综合研究工作，并首先在自己的教学和研究工作中加以实施。还积极创造条件，在生物学方面开设高等植物学、地理植物学两个专门化课程。他在百忙之中，亲自为学生讲授《有花植物分类》、《植物地理学》、《拉丁文》等课，他讲课生动活泼，系统条理，循循善诱，深受学生欢迎。他以其丰富的科学知识，高度负责的精神和严谨的治学态度，不断地引导学生向植物科学领域探索。他一贯坚持科学教学和科学研究、理论研究和生产实践相结合的原则，在教学工作中创造了有关课堂讲授、实验实习和课外辅导等一系列宝贵经验。早在他兼任同济大学生物系主任并代理该校理学院院长时，就亲赴我国大西北考察，了解当时中国植物学的现状。 　　他在中山大学任教的早期，就到广西、青海考察。解放初期，他参加海南岛等地的垦植勘察工作，拟订具体的教学实施大纲。在野外实习中，他都亲临现场，给学生作具体指导，使每个学生能够掌握二百种以上的华南植物种类知识。解放后，他更自觉地把生物学教学科研和南方资源调查、农业及国防的实践结合起来。1952年至1957年，他先后四次率领科研人员到广东的湛江、海南及雷州半岛，广西的合浦、百色等地区，进行大规模的勘察与规划工作，有时在野外长达7个月之久。他最早收集并整理出鼎湖山的植物名 录，为中山大学生物系和兄弟院校同行师生在鼎湖山进行生产实习或教学实习提供了基础科学资料。吴印禅在病逝的前两年里，还亲自率领中山大学生物系学生到英德温塘山等地进行生产实习。他十分关心植物学专业的教学工作和实习基地的建设，亲自前往封开黑石顶选择新的生产实习基地。