1980年代末、1990年代初，王元化编辑和出版了《新启蒙》和《学术集林》，前者代表了他在80年代倡导的新启蒙的学术与反思，后者体现了他的“学术的思想与思想的学术”的治学实践。

　　1988年10月，《新启蒙》第一册《时代与选择》出版。

　　原计划是每月出一册，但是由于出版发行方面的种种障碍，实际上每两个月出一册，其他三册分别是《危机与改革》、《论异化概念》、《庐山会议教训》。

　　《新启蒙》第三册发行后，王元化在1989年4月一次答记者问中，把办刊宗旨作了说明：“丛刊不是时评性的，也不是纯学术性的，而是从文化角度的高层次来探讨人人关心的具有现实意义的问题。”

　　第五册本应是1989年6月出版，5月初时编辑部的稿件其实已经编到了第六册，但由于不久后发生的政治风波，第五册未能与读者见面。

　　“他更愿意说他是一个有独立思考的人。”丁东说，“1990年代，知识界恢复公共性话语，王元化影响非常大。在邓小平南巡以前，知识界公共领域实际上处于失语状态，当时是以反对和平演变为主旋律的，1980年代以来的思想解放已经没有话语空间了，如何恢复知识分子的公共话语空间，王元化起到的作用很独特。”

　　1994年6月，李泽厚发表了一篇《思想家淡出，学问家凸显》;8月王元化主编的《学术集林》就公开表示不同意“将学术界一些人开始出现探讨学术的空气说成学术出台思想淡化”，后来他谈到学术与思想的关系，“思想可以提高学术，学术也可以充实思想。它们之间没有不是东风压倒西风，便是西风压倒东风那种势不两立的关系”。

　　《学术集林》持续到1998年11月，前后共十五卷，王元化对每一卷都写了卷后记，可以发现诸多他记述反思的思考路径、读书心得、对学术思想界重大问题的观点等。余英时批评郭沫若的文章就是在《学术集林》发表的。

　　1990年代是公众熟知的王元化反思年代，为此曾著《九十年代反思录》，称其为他奉献给读者最成熟的反思成果，这段反思尤以从1990年代中期开始最有突破，王元化对所谓知识分子阵营保守、自由、激进三派划分的否定，重新反思卢梭的国家学说等，可以说这段时期正与其思想史的反思同步。

　　主持《学术集林》并不是为了把持一个学术山头，在《九十年代日记》里，王曾对钱文忠戏言，“现在学术界有拉帮结派之风，我不参加互助组，也不参加合作社，准备单干到底。”