罗家伦的另一个很大的贡献是废除董事会,使清华改归教育部,并整顿基金。这三件事实际上是相互关联的。清华原来不归教育部而归外交部管辖,国民政府成立后,清华名义上归外交部和大学院共管,董事会由两个主管机关派人数相等的成员来组成,清华基金的保管在北洋政府时代是由外交部总长、次长和美国公使三个人组成的,国民政府成立后改为外交部总长、大学院院长、美国公使三人组成。基金保管的机构还在外交部手里,大学院院长蔡元培一贯以君子待人,并不去争。罗家伦在就任清华校长之前,曾随北伐军北上,他当时的职务是战地政务委员,并代表大学院兼管该会教育处。该会可以代表中央接收机关,调阅档案。1928年夏初,他进入北平后发现了汤姆生会计事务所查清华基金账目的报告。其中陈?龙烟铁矿的股票20万元,会计师估计只值大洋一元。其余的这类废纸还很多,都抵了基金的现款。清华的基金在外交部管理者的挥霍、投机、公债生意之下损失极多,其账目长期以来是一笔糊涂账。1929年4月,罗家伦到南京开董事会时,提出自己的行政报告和下学年扩充计划,结果是件件被否决。他感到十分愤懑,决心以辞职来换取清华基金的安全与独立,和清华隶属系统的正轨化(即改属教育部)。他认清这两个问题要一道解决。4月11日,罗家伦提出辞职。在此之前的两天,他亲自拟了一个一万多字的长篇谈话,把清华基金的积弊,根据会计事务所查账的报告,一齐宣布出来,又把清华在共管制度下的困难,也一齐宣布出来,寄给上海各报,请他们在辞职呈文发表的那一天,同时发表。上海各报果然在那一天全部发表了。这一招给外交部以沉重的打击。
罗家伦在离开北平时和美国公使马慕瑞谈妥,清华基金不归保管委员会管,也不归清华大学校长管,而交给中美人士共同组成的有良好信誉的中华教育文化基金董事会代管。后来在会议上,顺利地通过了这一方案。清华的基金从此得到安定和增长。
关于清华改归教育部问题,按正当手续应当在行政院会议上决定,罗家伦担心教育部和外交部两部部长不肯正面冲突,拟出一个调和的办法,他一不做二不休,把这一问题拿到两部部长都不出席的国务会议上去。事先请国务委员戴季陶和陈果夫以他们的名义向会议提案,要求将清华大学直接归教育部管辖,他又活动了蒋介石、谭延闓及孙科等人,得到他们的支持,因而在1929年5月第28次国务会议上顺利通过了。