萧栋字元吉，是梁武帝萧衍之曾孙，昭明太子萧统的嫡孙，正宗的萧梁皇家长门长孙；其父萧欢受封豫章郡王，任云麾将军、江州刺史；父薨，萧栋袭爵豫章王。

    梁太清二年（548）八月，梁河南王、大将军侯景举兵叛反，攻陷了皇城，幽禁了梁武帝，没多久，八十六岁的老爷子武帝承受不了如此巨大的精神打击，于窝囊、窝气、窝火中一命呜呼了，侯景遂立太子萧纲为帝，是为简文帝。

    侯景娶了简文帝的女儿溧阳公主，对她甚是宠爱，不免有些英雄气短儿女情长，以致荒怠了政务。其亲信王伟屡次劝他远离温柔乡，收回心思理政，侯景就将王伟的话说给了公主，公主听后极不高兴，免不了说了王伟几句气话；王伟闻知公主怨恨自己，担心侯景听信公主的撺掇加害自己，他抓住侯景意欲称帝的心理，就劝侯景废掉简文帝，并出主意说："自古以来篡夺皇位，必须先废黜现任皇帝，再另立新君，这样做既显示了我们的权威，又可断绝公卿士民的希望。"侯景采纳了王伟的建议，命人替简文帝起草了退位诏书，其大意为"弟弟与侄儿争夺皇位，天上的星辰运行失去了正常秩序，都是由于我不是正统的皇位继承人，导致了祸乱与灾害，我应当把帝位禅让给豫章王萧栋"。就这样，侯景废黜了简文帝，改立了萧栋当天子。

    豫章王萧栋自侯景攻占京师、专擅朝政后，就被软禁起来了，食物供应不足，堂堂一个皇家亲王只好"自己动手，丰衣足食"，靠自种些蔬菜填补肚子，维持生计。当侯景派人接他入宫登基时，萧栋正同妃子张氏在园子里脸朝黄土背朝天地锄着葵菜。萧栋乍然看到迎奉自己入宫的御驾，顿时有些惊恐失措，他深知给恶魔侯景当皇帝，绝对没有什么好下场；可自己的命运自己作不了主，迫不得已，萧栋只好哭泣着登上了龙辇。

    551年八月二十一日，萧栋升临武德殿，登基为帝，大赦天下，改元"天正"，追尊祖父昭明太子萧统为昭明皇帝，父亲萧欢为安皇帝，金华敬妃蔡氏为敬太皇太后，太妃王氏为皇太后，自己的妃子张氏为皇后。

    萧栋这个皇帝当然是个有名无实的牌位皇帝，整天唯唯诺诺提心吊胆的，这样的窝囊皇帝当了仅及三个月，就被迫禅位给侯景，侯景封他为淮阴王，将他连同萧桥、萧樛两个弟弟一起紧锁在密室中。四个月后，侯景兵败，弃离京师东逃，梁湘东王萧绎的部将杜崱入据皇城，萧栋兄弟三人才相互搀扶着走出了密室。路上，三兄弟遇到了杜崱，杜崱为他们打开了枷锁。劫后余生，两个小弟弟庆幸地说："现在总算是逃脱了横死之祸啊！"萧栋毕竟年长几岁，经历的磨难多些，他不无忧虑地说："祸福相倚伏，难以预料，我还是心有余悸啊！"这话还真不幸让他言中了。

    当初萧绎发兵攻打侯景时，他任命大将王僧辩为都督，统军讨逆。临出征前，王僧辩启奏湘东王："平定侯景后，如果皇位继承人（指被废黜的简文帝萧纲与萧栋）有幸活下来的话，不知将以何种礼仪对待他？"萧绎起兵讨伐侯景，当然是无利不起早，他觊觎皇位久矣，当然不愿意帝系血缘比自己近得多的皇兄萧纲、堂皇孙萧栋存在，影响自己的将来称尊，便暗示他不留活口。王僧辩听明白了萧绎的话外音，当即拒绝道："谋划平贼方略，挥军破贼杀敌，这是我责无旁贷的职责；至于像曹魏时的成济弑杀皇帝那样的事，请陛下另派别人去做吧！"萧绎深知王僧辩是个忠直之人，不好勉强他去干这种有违纲常的卑鄙勾当，就另命宣猛将军朱买臣去执行杀害"二萧"的任务。

    此时简文帝萧纲早已被侯景杀害多时了，皇位继承人实际上就只剩下萧栋一个人了，因此萧栋就成了朱买臣谋杀的对象。

    萧栋三兄弟刚刚走出囚室没两天，就遇到了也正在寻找他们的朱买臣。朱买臣见萧栋自己送上门来，暗自心喜，当即热情地邀请他们到船上喝酒，压惊庆贺。小兄弟三人毫无戒心，随之上了"贼"船，还没喝上几口，朱买臣便命人将萧栋兄弟三人一并沉入水中淹死了。

    萧栋自被侯景扶立为帝到被废黜，仅及三个月；在黑屋子里关锁四个月，好容易"解放"了，却又被叔祖父萧绎杀害。身为天潢贵胄，命运却如此凄惨，真是堪怜。推算他的年龄，也就是十五六岁。