1937年抗日战争爆发，日寇飞机轰炸广州，形势一天天危急。鲍国宝和广州电力管理处的同事们坚持岗位，随时准备抢修被炸坏的线路。一天，鲍国宝接到广州市市长曾养甫的指示：一是要坚持供电，直到最后;二是如果广州失守，必须破坏电厂之后才能撤退，炸药由工兵队负责供给。1938年10月12日，日寇在惠阳淡水登陆，21日侵占广州市。沦陷前夜，曾养甫打电话给鲍国宝说：“我先走了，你好自为之。”鲍国宝获悉广州失守，在给最后一批职工发放疏散费后，即与西村厂厂长楼钦忠从广州长堤(电力管理处)连夜赶到西村电厂，可是，预定承担爆破电厂任务的国民党工兵已经逃走了。他俩找了些棉花、稻草，浇上汽油，塞在发电机机芯和周围，无奈地点燃火把，烧毁了自己辛苦建成的发电厂。望着熊熊火光，他们最后一批撤离广州。

    1939年，鲍国宝来到陪都重庆，参加了国家资源委员会的工作，被任命为岷江电厂筹建处主任、厂长。这个工程包括五通桥电厂及大渡河水力发电工程。岷江电厂建成后，鲍国宝又主持筹建宜宾电厂。宜宾是长江航运的终点，鲍国宝把厂址确定在城外长江边的马鞍石。他和建设者们历尽艰辛，终于在1944年年末，将宜宾电厂初步建成并投产。宜宾电厂是当时国统区规模最大的火力发电厂，它的建成，对稳定抗战后方经济起到重要的作用。

    自流井(今自贡市)井盐工业区是抗战后方重要经济区之一。当时自流井的电力不足，制约了井盐开采，而宜宾电厂初步建成后电力有余，因此，自流井和宜宾两厂商定建设井宜输电线路。但两地之间交通十分不便，除自流井到邓井关有28公里运盐公路外，从邓井关到宜宾还有80公里的丘陵山路。为勘察输电线路的走向，鲍国宝率领技术人员徒步踏勘，翻山越岭，走了三整天。井宜线建成后，它是抗日后方电压最高、输电最远的线路。在岷江、宜宾、自流井三个电厂与电网的建设中，鲍国宝注重培养年轻人，常以理论与技术的指导，放手让他们在实践中施展才干。这批人才后来都成了新中国电力部门的技术骨干。

    1945年初，国家资源委员会派鲍国宝等组成电力技术考察团，赴美国考察。他作为赴美考察团的主要成员，每到一处，都详细地了解电站电网的调配与管理情况，细心地考察发电输电的配套与设备。尤其在美国奇异电气公司、田纳西河谷经济开发区的考察，由于这两处经验比较切合中国国情，使他甚感兴趣。在考察期间，美国通用电气公司以优厚的待遇要聘用鲍国宝，多次派人约见，邀他全家来美国居住，鲍国宝均婉言谢绝。他认为，科学技术要向美国学习，学会了要建设自己的国家。

    日本投降后，鲍国宝被任命任江南电力局筹备处处长，1946年底，接任冀北电力公司总经理职务。他对北平、天津、唐山等电厂电站进行深入的调查研究，拟定了一个三地并网的工作计划，但也看到国民党的统治腐败无能，难以实施。

    1948年10月，人民解放军解放了东北全境，迅速向平津地区推进，11月，包围北平。城内无电无自来水，国民党许多部门的要员纷纷离开北平。这时，鲍国宝拒绝随同国民党政府逃亡台湾，他遵照资源委员会负责人孙越崎先生的指示，接受共产党地下工作者的意见，决定留在北平，保护企业，迎接解放。他团结北平、天津和唐山地区全体电力工作人员，坚守岗位，听从指挥，保护好电厂和电力设施，保管好档案账簿和器材。12月17日，石景山发电厂获得解放，郊区迅速恢复供电，但北平城里仍然无电。解放军驻石景山发电厂的军代表通过电台与冀北电力公司秘密通话，提出要向城里送电，条件是只供给老百姓，容量限2000千瓦。鲍国宝立即复电：“遵命办理。”他立即行动，委派王平洋、徐博文等执行这一特殊任务。他们在周密准备后，与选拔的工人冒险出城，用两三天时间完成了抢修线路任务，实现了向城里送电。在战斗围城的情况下，北平城里的路灯亮了，自来水也有了，老百姓得到了解放区送来的光明。在黎明前的黑暗中，鲍国宝收到军统特务装有子弹的恐吓信，但他毫不畏惧。

    1949年7月7日，新中国成立前夕，天安门城楼上隆重举行纪念“七七”事变12周年暨庆祝新政协筹备成立大会，鲍国宝名列大会主席团。